Dalam upaya mewujudkan Visi Pembangunan Kota Bontang 2016-2021 tersebut, maka Misi Pembangunan Kota Bontang lima tahun kedepan adalah sebagai berikut:
a) Menjadikan Kota Bontang sebagai Smart City melalui peningkatan kualitas sumberdaya manusia
Smart City adalah sebuah konsep kota cerdas/pintar yang membantu masyarakat yang berada di dalamnya dengan mengelola sumber daya yang ada dengan efisien dan memberikan informasi yang tepat kepada masyarakat/lembaga dalam melakukan kegiatannya atau pun mengantisipasi kejadian yang tak terduga sebelumnya. Salah satu faktor penting dalam menjadikan sebuah kota sebagai Smart City adalah kualitas sumberdaya manusianya yang handal. Sehingga untuk mewujudkan Kota Bontang sebagai Smart City perlu peningkatan kualitas Sumberdaya Manusianya.
Secara operasional upaya peningkatan kualitas SDM dilaksanakan melalui berbagai sektor pembangunan, antara lain sektor pendidikan, kesehatan, sosialm kependudukan, tenaga kerja dan sektor permbangunan lainnya. Dalam rangka untuk mewujudkan MISI tersebut berikut ini adalah kebijakan dan program prioritasnya.
b) Menjadikan Kota Bontang sebagai Green City melalui peningkatan kualitas lingkungan hidup;
Green City merupakan salah satu konsep pendekatan perencanaan kota yang berkelanjutan, Green City juga dikenal sebagai Kota Ekologis atau kota yang sehat. Artinya adanya keseimbangan antara pembangunan dan perkembangan kota dengan kelestarian lingkungan. Dengan kota yang sehat dapat mewujudkan suatu kondisi kota yang aman, nyaman, bersih, dan sehat untuk dihuni penduduknya dengan mengoptimalkan potensi sosial ekonomi masyarakat melalui pemberdayaan forum masyarakat, difasilitasi oleh sektor terkait dan sinkron dengan perencanaan kota. Untuk dapat mewujudkannya, diperlukan usaha dari setiap individu anggota masyarakat dan semua pihak terkait (stakeholders).
c) Menjadikan Kota Bontang sebagai Creative City melalui pengembangan kegiatan perekonomian berbasis sektor maritim.
Bontang sebagai Creative City merupakan hasil dari pengembangan pengetahuan yang intensif dan strategi kreatif dalam peningkatan kualitas sosial-ekonomi, ekologi, daya kompetitif kota. Pengembangan bontang sebagai Creative City merupakan hasil dari gabungan modal sumberdaya manusia (contohnya angkatan kerja terdidik), modal infrastruktur (contohnya fasilitas komunikasi yang berteknologi tinggi), modal sosial (contohnya jaringan komunitas yang terbuka)dan modal entrepreuneurial (contohnya aktifitas bisnis kreatif). Pemerintahan yang kuat dan dapat dipercaya disertai dengan orang-orang yang kreatif dan berpikiran terbuka akan meningkatkan produktifitas lokal dan mempercepat pertumbuhan ekonomi suatu kota. Dalam rengka untuk mencapai misi tersebut maka berikut ini adalah kebijakan serta program kerjanya.